Prototype n'est que l'un des nombreux frameworks apparus dans le courant de la vague Ajax des années passées, parmi lesquels Dojo, MochiKit ou la Yahoo! UI Library.

Mais celui-ci a la particularité d'être à la base d'autres frameworks plus ciblés : Rico, MooFX, Behaviour et script.acu.lous sont construits à partir de Protoype, et même Ruby on Rails l'intègre par défaut pour ses évènements JavaScript, preuve de sa qualité et de son utilité.